O Arboreto Alto Uruguai está estruturado através de trilhas para visitação, ao longo das quais as espécies de árvores estão identificadas com placas. Atualmente existem sete (7) trilhas no Arboreto, perfazendo uma extensão total de 800 metros. Cada uma das trilhas possui uma denominação, sendo elas: » Trilha da Erva-mate;
» Trilha da floresta demonstrativa;
» Trilha da Araucária;
» Trilha da Canjerana;
» Trilha do Pau-Brasil;
» Trilha da Sequóia;
» Trilha do Quiri-da-China.

Na maior parte do percurso as trilhas são cobertas com grama, que não existe apenas nos locais onde o sombreamento não dá condições para que se desenvolva.

Os trabalhos de manutenção e expansão do Arboreto são realizados por um funcionário com dedicação exclusiva para esta função. Os trabalhos rotineiros de manutenção consistem na remoção de galhos podres, corte de gramas e vegetação arbustiva, além disso, também são realizados trabalhos de ajardinamento em alguns locais.

As novas espécies que passam a integrar o Arboreto são plantadas com espaçamento de no mínimo 6 metros. Procura-se plantar mais de um exemplar de cada espécie.